Frente al palacio, la iglesia de San Pedro de la Rúa, poseedora del título de iglesia mayor de la ciudad, calificativo que le fue otorgado en el año 1256.
Desde su altura se puede contemplar una buena panorámica de la ciudad, permitiendo observar una de las peculiaridades de la misma y es que casi todas las iglesias se yerguen sobre pequeños promontorios, lo que permite que la vista resalte la importancia al convertirse en focos referenciales de la ciudad.
Dentro de la iglesia se guarda la reliquia traída en el siglo XIII por un arzobispo de la ciudad griega de Patrás, que peregrinaba a Santiago.
El abogado de los Reales Consejos, don Baltasar Lezaun, autor de unas Memorias históricas de la ciudad de Estella, publicada en 1698 recoge la historia de la reliquia y los prodigios que obró en la ciudad y su nombramiento como patrono de lamisma en 1625.: …es pues que en el año de mil doscientos y setenta, último del Rey Don Teobaldo Segundo, y primero del Rey Don Enrique de Navarra, un Arzobispo de la iglesia de Patrás (cuio propio nombre se ignora) resolvió peregrinar a Compostela y visitar el sepulcro del Apóstol San Tiago, y para ofrecer en su temploalgún don prezioso, que manifestase su religiosa piedad, consistiendo los Canónigos de la iglesia de Patrás, tomó una Espalda de San Andrés Apóstol, que auna con la cabeza, y otra porcion de sus reliquias se conserva en aquella iglesia, donde fue martirizado, y los testimonios auténticos, que certificasen la verdad de la reliquia, y acomodando la Espalda en una caja de madera emprendió su larga jornada, y entrando en este Reyno desde la Francia llego de tránsito a Estella (que está en el camino Real de Santiago) donde no sin providencia especial del Cielo enfermó gravemente hospedado en el Hospital de San Nicolás, que había entonces; próximo a la iglesia Parroquial de San Pedro de la rua; venía el Santo Arzobispo por mayor mortificación a pie con pobre traje ocultando su dignidad; agravose su enfermedad y murió sin declarar el tesoro, que junto al pecho encubría con el vestido, y sin hazerse reparo, como un pobre Peregrino, fue enterrado vestido en el Cementerio de la Iglesia de San Pedro, quedando con el Arzobispo Peregrino sepultado el rico tesoro de la Espalda, no quiso el Cielo, que este quedase oculto, y asi la noche siguiente se zercó la sepultura del Arzobispo de claridad, y resplandor: violo el Sacristán de la iglesia no con poca admirazion suya: pero temiendo fuese ilusion, o imaginazion propia callo por entonzes; a la noche inmediata vio la misma claridad, y pareziendole, como lo era, cosa celestial dio quenta a la clerezia de la Parrochia, y acudiendo todos a verificar el milagro, hallaron ser verdad, viendo con sus ojos los resplandores, y luzes, y con este motivo tan divino cavaron, y descubrieron la sepultura del Peregrino, y desnudaron le hallaron la San Reliquia con los testimonios autenticos, que de ella llevaba acomodada en el Relicario, o caja de madera, y en ella algunas otras reliquias; alborozose la jente con el suzeso, y dando a Dios, y al Santo Apostol San Andrés las grazias de tan singular beneficio, colocaron en la iglesia de San Pedro la Reliquia de la Espalda, exponiéndola al culto publico, y volvieron a enterrar el Cadaver del Santo Arzobispo en el mismo Sepulcro, en el que pusieron una lapida con su faja, insignia de Prelado, que hasta hoy se vee en el cementerio.
Esta historia sobre ser con tradizion inconcusa de todos los Ciudadanos venerada, la refiere Ambrosio de Morales (49) con expresion; los testimonio que traia el Santo Prelado, se perdieron por descuido de nuestros mayores. Es la reliquia toda la pala, o hueso de la espalda; como sube al hombro; por eso en las memorias entiguas se llama, humerus; y al remate tiene una porcion de carne roja, y causa alguna vez fraganzia suavisima, de que testifica el mismo Morales, que la vio, y sintio, conservase tambien la caja de madera, en que vino, que es muy pesada con unos abujeros en los extremos para colgarla al cuello con cordones, y conservan, como alhajas de Arzobispo, un cavo de baculo pastoral de bronze dorado y dosvinageras de lo mismo de primorosa hechura, y dos guantes de seda amusca, que todo infunde devoción.
Los milagros obrados por la reliquia favorecieron la devoción que sobre ella sintieron algunos reyes, entre ellos Carlos II quien en el año 1365 le hizo labrar un relicario piramidal de plata sobredorada esmaltada de peso de trienta y un marcos, y al pie dos escudos de armas con las cadenas de Navarra, y flor de Lisses franzessas de verde esmalte.
Entre otras cosas, se acudía frecuentemente a la intercesión de la reliquia antelas frecuentes amenazas de inundación del río, tempestades y nublados, pero también ante sequías e incluso en el siglo XIX frente a epidemias de cólera. Sin embargo, el prodigio más espectacular tuvo lugar la tarde del domingo 2 de agosto de 1626. Las fiestas del patrón de la villa se realizaban en el mes de noviembre, ante los inconvenientes que esa fecha provocaba en la población, se reunieron las autoridades tomando la decisión de considerar más conveniente trasladarla al primer domingo de agosto de cada año.
Así, pues, el suceso que ahora relatamos llama poderosamente la atención, ya que el santo bendijo la elección municipal del cambio de su fiesta: Esta resolución de la Ciudad aprobo el Cielo con un suzeso grandemente milagroso, porque el dia Domingo dos de Agosto del mismo año mil seiszientos veinte y seis (que fue el primero, en que se zelebro la fiesta traslada) entre siete, o ocho oras de la tarde se aprezio sobre la torre de la iglesia de San Pedro de la rua, en que estaba la espalda, una aspa de tamaño (al lado de la luna, según dice el acta del Ayuntamiento), o grandor de dos hombres, a lo que parezia, y de color, y visos del arco iris; y estuvo fija por espazio de dos oras despidiendo de si mucha luz, y resplandores con admirazion de todos los vezinos, que la vieron, y por caso memorable con comision del Señor Obispo de Pamplona se rezivio informazion veridica de ello.
Llama poderosamente la atención, la participación del cielo en la elección de la fecha de la fiesta patronal de una ciudad. El mismo autor alabando a San Andrés, confirma mediante el juego de luces, el patrocinio del Apóstol sobre la ilustre y dichosa ciudad, exaltándola sobre otras ciudades: y debe notarse que el Apostol San Andres se dize Saphiro, piedra preziosa, que adorna el segundo fundamento de la ciudad de Dios; y que de esta piedra diza San Isidoro, que tiene en el corazón una estrella refulgente, por que la estrella de esta ciudad Nobilissima está depositada en el corazón de su Patrono San Andres con cuyos resplandores luze, y luzera siempre. A la iglesia se accede por una escalinata, realizada en la década de los años sesenta de este siglo, consecuencia de un plan de reordenación del centro histórico. La portada datada a mediados del siglo XIII, es el colofón de esa terna que conforma junto a Puente la Reina y Cirauqui unas bellas trazas de clara influencia árabe, aunque mediatizada por otros aportes decorativos románicos.
Por sus capiteles y arquivoltas, discurre un delicado encaje, una rica decoración de carácter vegetal, geométrico y figurativo. Al carecer de tímpano, sobre las jambas de la puerta, una rica figuración de origen clásico, nos transporta a un mundo escatológico, con arpías, grifos, un centauro arquero y una sirena-pez de doble cola. Podemos ver así, cómo numerosos símbolos románicos presentan raíces no cristianas, cuya procedencia, producto de la fantasía oriental transmitida a través del mundo griego y romano, creó un universo rico de seres híbridos y monstruosos, que si bien para nosotros son sólo fruto de la imaginación, en su momento fueron considerados como reales, viviendo en los extremos del mundo conocido, pese a ello, autores como Lucrecio negaron su existencia: Ni existen centauros, ni en ningún momento pueden vivir seres de doble naturaleza y cuerpo doble, compuestos de miembros heterogéneos...
En el Phisiologus griego, el centauro es el símbolo del hereje, el cual ciertamente conoce las enseñanzas del cristianismo, pero no las aplica correctamente y por ello se encuentra internamente dividido. Imagen de la lujuria y de los instintos pasionales, en el arte medieval se le representa, sobre todo, en su aspecto violento y guerrero, antítesis del noble caballero, porque no ha superado su naturaleza animal siendo también, a menudo, personificación de la soberbia.
Sin embargo, también llegó a servir como metáfora cristiana, al convertirse el centauro, en sagitario dedicado a la caza de las almas para su salvación eterna. La sirena de doble cola, es el ejemplo del que acecha encanta y fascina a cuantos hombres la oyen, para atrayéndoles ante sí, exigirles el sacrificio de sus almas. Por eso el fiel que pasa ante ella, no debe dejarse seducir por los atractivos placeres funestos y engañosos. Los escritores cristianos, consideraban a la sirena como el símbolo de la voluptuosidad, engañosa y moral, tanto en un plano más bien intelectual, como en el escénico y cotidiano. Frente a la sirena y el centauro, esfinges (cabeza de mujer, cuerpo de león y alas de águila) y grifos (cabeza y alas de águila y cuerpo de león), adquieren el carácter de guardianes. Ambos manifiestan su poder con sus atributos y sus significados etimológicos, pues esfinge significa la estranguladora. Sus características los convierten en potentes fuerzas destructoras, pero también adquieren el papel de vigilante mítico.
Junto a ellos, las Harpías, concreción desastrosa de los efectos de los vicios. El arco central polibulado, de arquitos de herradura, dota de un gran dinamismo a la portada, convirtiéndola en una especie de dosel. Sobre ella, una sucesión de arquivoltas, en cuyas claves inscritas en círculos, hallamos una mano bendiciendo con tres dedos (emblema de la Trinidad), cordero, estrella de seis puntas, otra alusión trinitaria reflejada por la presencia del Crismón. Es de resaltar la importancia de estas alusiones trinitarias en la ciudad. El interior del edificio presenta formas constructivas que se originan en el último cuarto del siglo XII. De este período se conserva la cabecera del templo.
El siglo XIII son las naves y del XV el monumental ventanal de tracería gótica, situado en el muro norte de la iglesia, en su primer cuerpo y dentro de la colosal torre. Durante los siglos XVI al XVIII se fueron realizando las obras de cubrición de las naves de la iglesia.
En su interior destaca la capilla dedicada a San Andrés, iniciada en el año 1706. Atravesando la iglesia, salimos a un espléndido claustro. De planta cuadrada, nos hallamos ante una preciosa obra de arte, fechada en torno a 1170.
Acogido a las faldas del castillo de Estella, la demolición del mismo en el año 1572, fue causa del desmantelamiento de dos de las alas del patio y del deterioro progresivo del resto. De primer orden en cuanto a calidad escultórica, sus capiteles acogen manos de distintos artistas que nos hablan de la importancia del Camino de Santiago en la difusión de formas estéticas.
Alternan en los capiteles elementos historiados de la vida de santos (entre ellos San Andrés, San Lorenzo y San Pedro), y de Cristo, escenificando el ciclo de: Anunciación, Encarnación, Pasión y Resurrección (excepcionales son el abrazo-beso de la Virgen y su prima, y el cuerpo de Cristo envuelto en el sudario), junto a figuras de animales, guerreros, domadores e híbridos como Harpías, Sirena-pájaro, Esfinges, etc…
(de El Camino de Santiago en Navarra, de Gregorio Díaz Ereño)